財政部民國93年12月28日 訂定之營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則(下稱移轉訂價查核準則)第3條第6款：「本法第43條之1所稱營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，指營利事業相互間有下列情形之一者：……六、營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人與另一營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人為同一人，或具有配偶或二親等以內親屬關係」之規定，是否得適用於移轉訂價查核準則生效前之營利事業所得稅結算申報案件？
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所得稅法第 43 條之 1：「營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，其相互間有關收益、成本、費用與損益之攤計，如有以不合營業常規之安排，規避或減少納稅義務者，稽徵機關為正確計算該事業之所得額，得報經財政部核准按營業常規予以調整。」又財團法人會計研究基金會所訂定之財務會計準則第 6 號公報貳第2 段第 1 項規定，凡企業與其他個體（含機構與個人）之間，若一方對於他方具有控制能力或在經營、理財政策上具有重大影響力者，該雙方即互為關係人，受同一個人或企業控制之各企業，亦互為關係人。復依同段第 2 項（3） 之規定，公司之董事長、總經理與他公司之董事長或總經理為同一人，或具有配偶或二親等以內親屬關係者，此兩公司通常為企業之關係人。上開財務會計準則公報之規定，得作為解釋所得稅法第 43 條之 1 所稱營利事業間是否具有控制從屬關係之依據。據此，並本於「相同事務應為相同處理」及「舉輕以明重」之法理，一營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人，與另一營利事業之董事長、總經理或與其相當或更高層級職位之人為同一人，或具有配偶或二親等以內親屬關係者，自得認為此二營利事業間具有所得稅法第 43 條之 1 所稱之「從屬控制關係」。是以在民國 93 年 12 月 29 日以前，二營利事業間如有上述情形，即屬所得稅法第 43 條之 1 規範之對象，此並不因財政部於民國 93 年 12 月 28 日始訂定營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則而受影響。
